层流手术室的空气净化系统本身并没有杀菌功能，它是通过过滤尘埃极大限度地消除细菌附着的载体，而残存的浮游菌及其他感染手术遗留的致病菌还会附着在医疗器具的表面及空气中。鉴于目前百级以下的层流手术室多采用乱流洁净室设计，所以还存在气流循环死角，是手术室致污原因之一。
手术床垫、体位垫与手术病人接触机会最多，术中体腔内渗出液、脓液、血液最易遗留在手术床垫及体位垫上，属于高度危险品。另外，手术间踏脚凳是医护人员术中脚踩的矮凳，多为木制，由于鞋底频繁接触地面，因此污染机会较多，加之踏脚凳底部常被冲洗体腔的液体沾湿，利于细菌生长。
接送患者的推车同时出入有菌区、无菌区和清洁区，将大量的细菌带入交换区，而外出的推车又将病房的细菌带入交换区，推车上的被褥也常被手术病人的血迹、引流物污染，其他病人继续使用时就会成为污染源。
手术室拖布是细菌滋生源和传播病菌的载体。由于长年潮湿加之拖布中间的缺氧环境，极利于厌氧菌和铜绿假单胞菌的生长。用于清洁层流手术室地面时，势必造成地面严重污染。洗器械的水池也是手术室细菌的滋生源，感染手术后的器械虽规定先用消毒液浸泡后清洗，但总有残留的致病菌污染水池表面及下水孔周围，再清洗其他物品时就会将细菌传播到别处。
